Kibio, un outil évolutif pour unifier, explorer et visualiser des données massives en sciences de la vie
Kibio est une nouvelle approche de gestion des données et des connaissances qui intègre et connecte ensemble des données très variées issues de la recherche biomédicale. C’est une solution puissante qui intègre des modules de visualisation qui a pour but de proposer une meilleure gestion et exploration de données multi-omiques et biomédicales massives.
Une plateforme novatrice d’unification et de visualisation des données
Les ensembles de données biologiques ont grandi de façon exponentielle au fil des années, tant en taille qu’en complexité : séquences génomiques et protéiques, structure des biomolécules et informations fonctionnelles générées par tous les domaines de la recherche omique (génomique, métagénomique, protéomique, transcriptomique, métabolomique, etc.) représentent désormais une mine d’information complexe à traiter et à mettre en relation.
Un tableau de bord possédant plusieurs visualisations à l’avant, appuyés par des outils d’importation de données et des mises à jour régulières
Quels enjeux?
Trop d’information, trop de formats : il existe, actuellement, des centaines de référentiels liés à la bioinformatique et, de ce fait, les chercheurs doivent passer constamment d’une base de données à l’autre et adapter leurs données de recherche à différents supports ou formats.
Une nécessaire visualisation : il n’existe pas d’outil en ligne, accessible et gratuit, qui soit en mesure de gérer autant de données disparates et de les relier de façon agile aux connaissances en ligne.
Quelle solution?
Afin de répondre à ces besoins, le portail scientifique Kibio.science a été développé, un outil fournissant des tableaux de bord permettant de visualiser simultanément des requêtes de recherche au sein de diverses bases de données publiques telles que Pubmed, Chembl, MeSH, NCBI Gene, GTex ou encore TCGA.
Cette solution est soutenue par Lucan, la « part invisible » de Kibio.science : il s’agit d’un logiciel prenant en charge l’importation, la transformation ainsi que la mise à jour de bases de données spécifiques. Kibio.science est disponible sous forme de portail en ligne reposant sur des technologies Web (HTML, CSS, JS et le moteur de recherche et d’indexation Elasticsearch.
Organismes partenaires
Chercheur responsable du projet à l'IID
Équipe complète du projet
Chercheur responsable du projet : Arnaud Droit
Équipe du projet : Régis Ongaro-Carcy, Mickael Leclercq, Marie Pier Scott-Boyer
Le financement de ce projet est lié à la Chaire de recherche L’Oréal en biologie digitale
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